Після
ліквідації інституту гетьманства у 1764 році розпочався
трагічний період в історії України, коли Гетьманщина остаточно
втратила всі автономні права. Цей період пов'язаний з
діяльністю імператриці Катерини ІІ. Замість інституту гетьмана знову було створено
Малоросійську колегію на чолі з президентом Петром Рум'янцевим.
Вже в 1765 році було ліквідовано полковий устрій на
Слобожанщині, а в 1781 році - і на Лівобережній Україні. В
1783 році вийшов царський указ про закріпачення селян на цій
території. Використав
запорозьких козаків в російсько-турецькій війні 168-1774 року,
Катерина ІІ в 1775 році звеліла ліквідувати Запорозьку Січ як
осеродок української державності, демократичного устрою та
вольного духу всередині Російської імперії. Саме
в цей останній період існування Січі кошовим отаманом був
Петро Калнишевський.Його було
заслано на Соловки. Доля козаків
склалася по-різному: деякі перейшли до селянського та міщанського
стану,окремі представники козацької старшини зазнали
переслідувань, найнепокорніші запорожці подалися за межі
Російської імперії та заклали Задунайську Січ. З 1783 року лівобережні козацькі полки
було перетворено на регулярні полки російської армії. Під час російсько-турецької війни
1787-1791 років знов постала потреба в козаках, і імператриця
у 1788 році видала указ про формування з колишніх запорожських
козаків Чорноморського козацького війська. Надії козаків
на відродження Січ на Запоріжжі не виправдалися. Але їм надано
було право поселитися на землях між Кубанню та Доном, що і
відбулося у 1792 році. З 1860 року Чорноморське військо
продовжило свою історію під назвою Кубанське козацьке військо.